常用的益生元有低聚糖類，包括低聚果糖、低聚半乳糖、低聚木糖、低聚異麥芽糖、大豆低聚糖、菊粉等，有些微藻類也可作為益生元，如螺旋藻、節(jié)旋藻等，此外多糖（如云芝多糖, 胡蘿含氮多糖）、蛋白質水解物（如酪蛋白的水解物, α-乳清蛋白, 乳鐵蛋白等）以及天然植物中的蔬菜、中草藥、野生植物等也能作為益生元使用。