1、選擇性加熱。因為水分子對微波吸收，所以含水量高的部份，吸收微波功率多于含水量較低的部份。這就是選擇性加熱的特點，利用這一特點可以做到均勻加熱和均勻殺菌的目的。
2、節(jié)能高效。微波是直接對物料進行作用，因而沒有額外的熱能損失，爐內的空氣與相應的容器都不會發(fā)熱，所以熱效率極高，生產環(huán)境也明顯改善，與遠紅外加熱相比可節(jié)電30%。 
3、時間短，微波加熱殺菌是使被加熱物體本身成為發(fā)熱體，不需要熱傳導的過程。微波從四面八方穿透物體內部里外同時使物體在很短時間內達到均勻加熱殺菌，大大縮短了干燥殺菌時間，從而更能提高產量。
4、易于控制，與常規(guī)方法比較,設備即開即用；沒有熱慣性，操作靈活方便；微波功率可調，傳輸速度可調。在微波加熱干燥殺菌中，無廢水、廢氣、廢渣，是一種安全無害的
5、殺菌效果好。實踐證明，利用微波殺菌一般在70℃就可全部殺死大腸桿菌，在80～90℃細菌總數(shù)大大降低，時間只需2～8分鐘。速度快，時間短，因此保留食品中的營養(yǎng)成份、傳統(tǒng)風味。經微波殺菌處理的物料，可延長半年保質期，對提高產品質量及延長儲存周期。