熒光染料的亮度可以用來比較不同熒光染料的熒光標(biāo)記效果，通過陰性細(xì)胞群與陽性細(xì)胞群的熒光信號(hào)之間的關(guān)系來表示。但陰性細(xì)胞群的熒光信號(hào)受到信號(hào)強(qiáng)度、自發(fā)熒光、非特異性染色、儀器的電子噪聲等多個(gè)因素相關(guān)。

熒光染料染色指數(shù)是陽性細(xì)胞群的平均熒光強(qiáng)度與陰性細(xì)胞群的平均熒光強(qiáng)度之差與陰性細(xì)胞群熒光強(qiáng)度標(biāo)準(zhǔn)差之間比值的一半。熒光染料染色系數(shù)只和抗體克隆與質(zhì)量、熒光團(tuán)純度與質(zhì)量、熒光修飾比、激光線及其功率、長(zhǎng)通和帶通濾光片、目的細(xì)胞等因素相關(guān)。

    熒光染料的染色指數(shù)與熒光染料的亮度呈正相關(guān)，也就是熒光染料亮度越高，染色系數(shù)也就高。按染料性質(zhì)及應(yīng)用方法分 

不溶性偶氮染料 活性染料 還原染料 可溶性還原染料 硫化染料 硫化還原染料 酞菁染料 氧化染料 縮聚染料 分散染料 酸性染料 酸性媒介及酸性含媒染料 堿性

活性染料：又稱反應(yīng)性染料。這類染料是50年代才發(fā)展起來的新型染料。它的分子結(jié)構(gòu)中含有一個(gè)或一個(gè)以上的活性基團(tuán)，在適當(dāng)條件下，能夠與纖維發(fā)生化學(xué)反應(yīng)，形成共價(jià)鍵結(jié)合。它可以用于棉、麻、絲、毛、粘纖、錦綸、維綸等多種紡織品的染色。

硫化染料：這類染料大部分不溶于水和有機(jī)溶劑，但能溶解在硫化堿溶液中，溶解后可以直接染著纖維。但也因染液堿性太強(qiáng)，不適宜于染蛋白質(zhì)纖維。這類染料色譜較齊，價(jià)格低廉，色牢度較好，但色光不鮮艷。

分散染料：這類染料在水中溶解度很低，顆粒很細(xì)，在染液中呈分散體，屬于非離子型染料，主要用于滌綸的染色，其染色牢度較高。

酸性染料：這類染料具有水溶性，大都含有磺酸基、羧基等水溶性基因。可在酸性、弱酸性或中性介質(zhì)中直接上染蛋白質(zhì)纖維，但濕處理牢度較差。